论著
陈梓杰
;陈柏行
;许隆
;张严
;冯俊铭
;李世杰
;高怡加
;曾展鹏
2021, 16(2): 71-75.
目的:基于GEO数据库筛选神经源性异位骨化的差异基因并进行生物信息学分析,寻找疾病相关基
因和通道。方法:从GEO数据库中下载关于神经源性异位骨化的基因表达谱芯片,通过R软件的Limma包
以调整后的P<0.05和|Log2(fold-change)|>2作为阈值筛选异位骨化组和健康对照组的差异基因,使用Matascape在线工具对差异基因进行GO富集及KEGG通路富集分析,并构建差异基因蛋白质-蛋白质相互作用
关系(PPI)网络,利用Cytohubba和MCODE算法寻找关键基因。结果:共筛选出276个差异基因,其中上调
基因150个,下调基因126个,差异表达基因的生物学过程(BP)主要在化学突触传递、跨突触信号的调控、骨
化等过程富集;分子功能(MF)主要在细胞外基质结构成分、肝素结合、糖胺聚糖结合富集;细胞成分(CC)主
要在胶原三聚体、含胶原蛋白的细胞外基质、细胞外基质富集。KEGG信号通路分析主要富集在补体和凝血
级联、IL-17、Wnt、蛋白的消化吸收等通路。PPI网络共鉴别出EGF、GPR18、ADRA2C、CXCL1、C3、CXCL6、
ADRB2、PENK、CXCL2、CDH1 共10个hub基因和CXCL2、PTH2、EPHB1、HTR2B 共4个种子基因。结论:
通过对基因芯片的生物信息学分析,发现了可能与神经源性异位骨化相关的基因及分子调控机制。